जनता पक्षाचे सरकार जास्त दिवस टिकले नाही. मोरारजी देसाई यांनी राजीनामा दिला. तसेच अंतर्गत विरोधामुळे अखेर जनता पक्षाची शकले झाली. वाजपेयी यांनी, राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ आणि भारतीय जनसंघ यांतील मित्र, खासकरून लालकृष्ण अडवाणी आणि भैरोसिंग शेखावत यांच्यासोबत मिळून भारतीय जनता पक्षाची स्थापना १९८० साली केली. वाजपेयी हे भाजपाचे पहिले अध्यक्ष बनले. भाजप हा काँग्रेसचा प्रबळ विरोधक होता. ऑपरेशन ब्ल्यू-स्टारला भाजपाचा पाठिंबा असला तरी अंगरक्षकाकडून झालेल्या इंदिरा गांधी यांच्या हत्येनंतर दिल्लीमध्ये ज्या शीखविरोधी दंगली उसळल्या त्याचाही भाजपाने विरोध केला. यानंतर झालेल्या लोकसभा निवडणुकीत भाजपाच्या वाट्याला केवळ २ जागा आल्या. तरीही भाजपा देशाच्या राजकारणात मुख्य प्रवाहात राहिला आणि वाजपेयी हेच पक्षाच्या केंद्रस्थानी राहिले. तरी भाजपावरील हिंदुत्वाचा प्रभाव वाढत होता, त्यामुळेच रामजन्मभूमीच्या विश्व हिंदू परिषदेच्या आणि राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघाच्या प्रश्नाला भाजपाने राजकीय स्तरावर आवाज दिला. यात अयोध्येत राममंदिर बांधण्याचा मुद्दा समाविष्ट होता. ६ डिसेंबर १९९२ रोजी अयोध्येत बाबरी मशीद नावाची वास्तु पाडण्याच्या घटनेमुळे देशात जातीय हिंसाचार उसळला.

तरीही देशाच्या राजकारणातला भाजपाचा विस्तार होतच राहिला. १९९५च्या मार्चमध्ये गुजरातच्या आणि महाराष्ट्राच्या विधानसभेच्या निवडणुकांत भाजपाला विजय मिळाला. भाजपाच्या मुंबई येथील नोव्हेंबर १९९५च्या अधिवेशनात अडवाणी यानी वाजपेयी याचे नाव १९९६च्या लोकसभा निवडणुकांदरम्यान पंतप्रधान पदासाठी उमेदवार म्हणून घोषित केले.