पंतप्रधान पद :- तिसरी खेप (ऑक्टोबर १९९९ - मे २००४)
१९९९ साली झालेल्या सार्वत्रिक निवडणुकांमध्ये (राष्ट्रीय लोकशाही आघाडीला(रालोआला) घवघवीत यश मिळाले आणि अटलबिहारी वाजपेयींनी सलग तिसऱ्यांदा पंतप्रधानपदाची शपथ घेतली.
महत्त्वाच्या नोंदी
भारतीय प्रवासी विमानाचे अपहरण
सन १९९९ साली तालीबान अतिरेक्यांनी IC - ८१४ या प्रवासी विमानाचे अपहरण केले . हे विमान नेपाळची राजधानी काठमांडूकडून दिल्लीला निघाले होते. अतिरेक्यांच्या या कृतीमुळे वाजपेयी सरकारने ३ अतिरेक्यांच्या बदल्यात प्रवासी विमानाची सुटका केली .
२००१ संसदेवरचा हल्ला
२००१ साली दहशतवादी अफझल गुरू आणि त्याच्या साथीदारांनी संसदेवर हल्ला केला . या हल्ल्यामध्ये ७ भारतीय सुरक्षा रक्षक मारले गेले. मात्र, दहशतवाद्याचा खात्मा पोलिसांनी केला म्हणून मोठा अनर्थ टळला, कारण एका दहशतवाद्याच्या अंगावर पूर्ण संसद उडवू शकेल एवढे RDX होते.