"अज्ञात कारण के निमोनिया" के साथ मामलों के उद्घाटन क्लस्टर के रूप में एक थोक पशु और मछली बाजार से जुड़ा हुआ था, जिसमें मुर्गियों, तीतरों, चमगादड़ों, मर्मोट्स, विषैले सांपों, चित्तीदार हिरणों और खरगोशों जो अंगों और अन्य जंगली जानवरों (तु वीई), यानी बस्मेट, के एक हजार स्टॉल थे। तात्कालिक परिकल्पना यह थी कि यह एक पशु स्रोत (एक ज़ूनोसिस) से आया हुआ नावेल कोरोनवायरस था।

कोरोनावायरस मुख्य रूप से जानवरों के बीच घूमते हैं, लेकिन विकसित होकर मनुष्यों को संक्रमित करने के लिए जाना जाता है, जैसा कि SARS, MERS में देखा गया है और मनुष्यों में पाए जाने वाले चार अन्य कोरोनावायरस के साथ देखा गया है जो जुखाम की तरह हल्के श्वसन संबंधी लक्षण पैदा करते हैं। सभी छह मानव से मानव में फैल सकते हैं। 2002 में, घोड़े की नाल चमगादड़ में संक्रमण के साथ, फिर जीवित पशु बाजारों से civets के माध्यम से, मुख्य भूमि चीन में SARS का प्रकोप शुरू हुआ, और कुछ सुपर-स्प्रेडर्स और अंतरराष्ट्रीय हवाई यात्रा की मदद से, कनाडा और संयुक्त राज्य अमेरिका तक पहुंच गया, जिसके परिणामस्वरूप दुनिया भर में 700 से अधिक मौतें हुईं। आखिरी मामला 2004 में हुआ था। उस समय महामारी से निपटने के लिए डब्ल्यूएचओ द्वारा चीन की आलोचना की गई थी।SARS की शुरुआत के दस साल बाद, ड्रोमेडरी-ऊंट- संबंधी कोरोनवायरस, MERS, के परिणामस्वरूप 27 देशों में 850 से अधिक मौतें हुई हैं। एक बड़े समुद्री भोजन और पशु बाजार के साथ वुहान के प्रकोप का कारण एक पशु स्रोत होने का अनुमान लगाया गया है। इससे यह डर पैदा हो गया है कि यह पिछले SARS प्रकोप के समान होगा, इस डर को और भी बढ़ा देता है कि चीनी नववर्ष केे लिए चीन में अधिक संख्या में यात्री सफर करते हैं जो 25 जनवरी 2019 से शुरू हो रहा है।

एक अद्यतन प्रीप्रिंट कागज जनवरी 2020 प्रकाशित 23 पर bioRxiv विषाणु विज्ञान के वुहान संस्थान के सदस्यों से, वुहान Jinyintan अस्पताल, चीनी अकादमी ऑफ साइंसेज और रोग नियंत्रण और रोकथाम के लिए हुबेई प्रांतीय सेंटर के विश्वविद्यालय का सुझाव है कि 2019 नावेल कोरोनावायरस संभवतः चमगादड़ से फैला है, जैसा कि उनके विश्लेषण से पता चलता है कि nCoV-2019 बल्ले कोरोनवायरस के पूरे जीनोम स्तर पर 96% समान है।