2019-nCoV के प्राकृतिक वन्यजीव रिजर्वायर और मध्यवर्ती होस्ट की पुष्टि नहीं की गई है जिससे होते हुए 2019-nCoV मनुष्यों तक पहुँचते हैं। हालांकि, यह संभावना है कि वायरस के लिए प्राथमिक रिजर्वायर चमगादड़ है। बाजार से लिए गए 585 जानवरों के नमूनों में से 33 में 2019-एनसीओवी के साक्ष्य दिखाई दिए।

वुहान इंस्टीट्यूट ऑफ चाइनीज एकेडमी ऑफ साइंसेज और रोग नियंत्रण और रोकथाम के लिए हुबेई प्रांतीय केंद्र, वुहान इंस्टीट्यूट ऑफ चाइना एकेडमी ऑफ साइंसेज और हुबेई प्रांतीय केंद्र के वुहान इंस्टीट्यूट के सदस्यों द्वारा bioRxiv पर 23 जनवरी 2020 को एक प्रीप्रिंट पेपर प्रकाशित करअपडेट किया गया था कि 2019 के नावेल कोरोनावायरस की संभावित उत्पत्ति चमगादड़ हो सकती है। जैसा कि उनके विश्लेषण से पता चलता है कि 2013 में पहचाने जाने वाले बैट कोरोनोवायरस के पूरे जीनोम स्तर का 96% समान जीनोम nCoV-2019 में है। हालांकि, इस बैट कोरोनोवायरस के न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम, जिसे RaTG13 के रूप में जाना जाता है, को कभी भी प्रकोप से पहले चीनी वैज्ञानिकों द्वारा जारी नहीं किया गया था।

पेकिंग यूनिवर्सिटी, गुआंग्सी ट्रेडिशनल चाइनीज़ मेडिकल यूनिवर्सिटी, निंगबो यूनिवर्सिटी और वुहान बायोलॉजी इंजीनियरिंग कॉलेज से एक दिन पहले प्रकाशित एक रिपोर्ट 2019-nCoV के कोडन उपयोग पूर्वाग्रह की तुलना "मनुष्यों, चमगादड़ों, मुर्गियों, हेजहॉग्स, पैंगोलिन और सांपों की दो प्रजातियों" से करती है। , और उन्होंने निष्कर्ष निकाला कि "सांप 2019-nCoV" के लिए सबसे संभावित वन्यजीव पशु रिजर्वायर है जो तब मनुष्यों में फैला था। यह दावा व्यापक रूप से विवादित रहा है: कुछ ने तर्क दिया कि रिजर्वायर चमगादड़ होना चाहिए और मध्यवर्ती होस्ट, पक्षी या स्तनपायी होना चाहिए, साँप नहीं (जैसा कि सांप, मनुष्य के विपरीत, पोइकिलोथर्म हैं), जबकि अन्य ने पुनर्संयोजन और SARS/ MERS कोडन उपयोग पूर्वाग्रह के डेटा का उपयोग किया था तर्क का खंडन करने के लिए। उल्लेखित पुनर्संयोजन की घटना शायद चमगादड़ में हुई।

2019-nCoV के फैलोजनेटिक अध्ययन वायरस के विकास के इतिहास और अन्य जीवों के साथ उसके संबंधों की जांच करते हैं। कोरोना वायरस के परिवार का सातवाँ सदस्य जो मनुष्यों को संक्रमित कर सकता है, 2019-nCoV में SARS-CoV के समान 75% से 80% जीनोम अनुक्रम है और कई बैट कोरोना वायरस से अधिक समानता रखता है। नावेल कोरोनोवायरस के कम से कम पांच जीनोम को पृथक और रिपोर्ट किया गया है। ये दिखाते हैं कि वायरस अन्य ज्ञात कोरोना वायरस जैसे कि गंभीर तीव्र श्वसन सिंड्रोम-संबंधित कोरोनवायरस (SARS-CoV) और मध्य पूर्व श्वसन सिंड्रोम-संबंधी कोरोनवायरस (MERS-CoV) से आनुवंशिक रूप से अलग है। SARS-CoV की तरह, यह बीटा- CoV वंश बी का सदस्य है।

कोरोना वायरस (सीओवी) परिवार Coronaviridae और ऑर्डर Nidovirales में उप-परिवार ऑर्थोकोरोनवीरिनाइ से संबंधित हैं। सीओवी में एक लिफाफा, मुकुट जैसा वायरल कण होता है जिससे उनका नाम रखा गया था। सीओवी जीनोम एक पॉजिटिव सेंस एकल-स्ट्रैंड आरएनए (+ ssआरएनए), आकार में 27-32 केबी, जो सभी आरएनए वायरस जीनोम में दूसरा सबसे बड़ा है।