शहरातील बहुतेक मुस्लिम हिंदू तसेच वसाहतवादी लेखाजोखा नाकारतात आणि त्याऐवजी भिन्न सिद्धांत मांडले जातात

(अ) मूळ इमारत कधीही मंदिर नव्हती तर दीन ए इलाही या अकबराच्या धर्माच्या श्रद्धेची एक रचना होती जी अकबराच्या आणि  औरंगजेबाच्या "विधर्मी" विचार-प्रवाहाशी असलेल्या  वैरभावाने नष्ट झाली होती.

(ब) मूळ इमारत खरोखरच एक मंदिर होती परंतु ज्ञानचंद या हिंदूने आपल्या एका स्त्री नातेवाईकाची लूट आणि विनयभंग केल्याच्या परिणामी ती नष्ट केली.

(c) मंदिर औरंगजेबाने नष्ट केले कारण ते राजकीय बंडखोरीचे केंद्र होते. या सर्व गोष्टी या पैलूवर एकत्रित होतात की औरंगजेबाने धार्मिक कारणांसाठी मंदिर पाडले नाही. हे तुलनेने वेगळ्या युक्तिवादांमध्ये हे समाविष्ट होते की ज्ञानवापी हे औरंगजेबाच्या कारकिर्दीच्या खूप आधी बांधले गेले होते किंवा जातीय संघर्षामुळे मंदिर उद्ध्वस्त करण्यात आले. ज्यामध्ये मुस्लिमांना चिथावणी देण्यात हिंदूंचा महत्त्वपूर्ण सहभाग असावा.

ज्ञानवापी मशिदीचे इमाम मौलाना अब्दुस सलाम नोमानी (मृत्यू १९८७) यांनी अग्रगण्य उर्दू दैनिकांच्या माध्यमातून हे दृष्टिकोन व्यापकपणे विकसित आणि विस्तारित केले आहेत. नोमानी यांनी नाकारले की औरंगजेबाने मशिदीचे काम करण्यासाठी कोणतेही मंदिर पाडले. त्याचप्रमाणे मशीद तिसरा मुघल सम्राट अकबराने बांधली होती असा दावा केला. औरंगजेबचे वडील शाहजहान यांनी १०४८ हिजरी १६३८-१६३९ मध्ये मशिदीच्या जागेवर इमाम-ए-शरीफत नावाचा मदरसा सुरू केला होता. पुढे औरंगजेबाचा वाराणसी येथील सर्व हिंदू मंदिरांना संरक्षण देणारा शासक आणि त्याच्या 'असंख्य मंदिरांना, हिंदू शाळांना आणि मठांना संरक्षण देणारा' उल्लेख केला आहे

तरी सत्य काही निराळेच आहे असे दिसते. औरंगजेबाने अनेक मंदिरे आणि मठांना असे संरक्षण दिले असले तरी, या संशोधनवादी कथनांना कोणतीही पुरावानिष्ठ मान्यता नाही. देसाई नोमानी यांच्या युक्तिवादांना वसाहतीनंतरच्या बनारसमधील हिंदू-वर्चस्ववादी स्वरूपाच्या वातावरणातून वैफल्यग्रस्त आणि न्यूनगंड निर्माण झालेल्या इस्लामी  लेखकाने केलेले "इतिहासाचे पुनर्लेखन" मानतात.