१९८४ पासून, विश्व हिंदू परिषद उजव्या विचारसरणीच्या हिंदू राष्ट्रवादी विचारसरणी घेऊन ज्ञानवापीसह हिंदू मंदिरे पाडून बांधलेल्या मशिदींच्या जागेवर पुन्हा दावा करण्याच्या राष्ट्रव्यापी मोहिमेत गुंतले. डिसेंबर १९९२ मध्ये बाबरी मशीद पाडल्यानंतर तणाव आणखीनच वाढला आणि ज्ञानवापी येथे अशीच घटना घडू नये म्हणून सुमारे एक हजार पोलिस तैनात करण्यात आले.

भारतीय जनता पक्षाच्या नेत्यांनी बाबरी मशिदीच्या जागेतील राम मंदिराला पुन्हा हक्क देण्याच्या मागणीचे समर्थन केले होते. यावेळी मात्र ज्ञानवापी मशिदीचा सक्रियपणे वापर होत असल्याच्या कारणावरुन विहिंपच्या मागणीला विरोध केला..

१९९१ मध्ये वाराणसी दिवाणी न्यायालयात हिंदू समुदायाला जागा हस्तांतरित करण्यासाठी शीर्षक-विवाद खटला दाखल करण्यात आला होता; याने पूजा स्थळे विशेष तरतुदी कायदा, १९९१ ला बायपास करण्याचा प्रयत्न केला जो आधी लागू होता.

१९९६ मध्ये विहिंपने हिंदूंना महाशिवरात्रीनिमित्त मोठ्या संख्येने एकत्र येण्याचे आवाहन केले; याला अत्यल्प प्रतिसाद मिळाला आणि कोणताही अनुचित प्रकार न घडता तो प्रसंग पार पडला.

१९९८ मध्ये, न्यायालयाने असा निर्णय दिला की हा खटला खरोखरीच पूजा स्थळे विशेष तरतुदी कायद्याने प्रतिबंधित केला होता. त्यानंतर जिल्हा न्यायालयासमोर पुनर्विलोकन याचिका दाखल करण्यात आली ज्याने त्यास परवानगी दिली आणि दिवाणी न्यायालयाला या वादावर नव्याने निर्णय देण्यास सांगितले. मशीद व्यवस्थापन समितीने या खटल्याला अलाहाबाद उच्च न्यायालयात यशस्वीपणे आव्हान दिले, ज्याने कारवाईला स्थगिती दिली. १९९१ च्या याचिकेच्या वकिलाने याच कारणास्तव मशीद-कॉम्प्लेक्सच्या ASI सर्वेक्षणाची विनंती करणारी दुसरी याचिका फेरफार करण्यापूर्वी, कोर्ट-केस २२ वर्षे प्रलंबित राहिला.

औरंगजेबाने उद्ध्वस्त करण्यापूर्वी विक्रमादित्याच्या कारकिर्दीपासून हजारो वर्षांपासून हे मंदिर कथितरित्या अस्तित्वात होते; हे पदोपदी शिवलिंगाच्या अस्तित्त्वाने सिद्ध झाले आणि हिंदूंना शिवलिंगांना जलअर्पण करण्याच्या त्यांच्या धार्मिक अधिकारापासून वंचित ठेवण्यात आले.

प्रतिवादी म्हणून काम करत असलेल्या ज्ञानवापी मशीद व्यवस्थापन समितीने (अंजुमन इंतेजामिया मस्जिद) दावे नाकारले आणि औरंगजेबाने मशीद बांधण्यासाठी मंदिर पाडले हे नाकारले..

८ एप्रिल २०२१ रोजी, नगर कोर्टाने भारतीय पुरातत्व सर्वेक्षण विभागाला विनंती केलेले सर्वेक्षण करण्याचे आदेश दिले. याशिवाय, मशिदीच्या आधी या जागेवर कोणतेही मंदिर अस्तित्वात आहे की नाही हे निर्धारित करण्यासाठी "अल्पसंख्याक समुदायातील" दोन सदस्यांसह पुरातत्व शास्त्रातील तज्ञांचा समावेश असलेली पाच सदस्यीय समिती स्थापन करण्यास सांगितले होते, बहुतेक टीकाकारांनी न्यायालयाच्या पूजा स्थळे विशेष तरतुदी कायदा आणि इतर बाबींच्या विरोधात निर्णयाला चालना देण्याचे मत व्यक्त केले..

त्याच दिवशी प्रतिवादींनी अलाहाबाद उच्च न्यायालयात आव्हान दिले होते. ९ सप्टेंबरला उच्च न्यायालयाने प्रतिवादींच्या बाजूने निकाल दिला; सर्वेक्षणाला अनिश्चित काळासाठी स्थगिती देण्यात आली आणि न्यायालयीन शिष्टाचाराचा भंग झाल्याबद्दल या निकालावर टीका करण्यात आली..

सध्या गैर-मुस्लिमांसाठी मशिदीत प्रवेश निषिद्ध आहे, फोटोग्राफी निषिद्ध आहे, जवळ येणा-या गल्ल्यांमध्ये पोलिसी गस्त आहे, भिंतींना काटेरी तारांचे कुंपण आहे आणि एक टेहळणी बुरूज देखील अस्तित्वात आहे. शहराच्या सांस्कृतिक जीवनात मशिदीचा पुरेसा उपयोग झालेला नाही किंवा पुरेसा अंतर्भूतही नाही.