संभाजीराजांचा जन्म १४ मे, इ.स. १६५७ रोजी किल्ले पुरंदर येथे झाला. शिवाजी महाराजांसारख्या युगपुरुषाचे पुत्र असल्यामुळे रणांगणावरील मोहिमा आणि राजकारणातील डावपेच यांचे बाळकडू त्यांना लहानपणापासूनच मिळाले. संभाजीराजांच्या आईचे, सईबाईंचे निधन राजे अगदी लहान असताना झाले. त्यानंतर पुण्याजवळील कापूरहोळ गावची धाराऊ नावाची स्त्री त्यांची दूध आई बनली. संभाजीचा सांभाळ त्यांची आजी जिजाबाई यांनी केला. त्यांच्या सावत्र आई, पुतळाबाई यांनीदेखील त्यांच्यावर खूप माया केली.

अनेक ऐतिहासिक नोंदींप्रमाणे संभाजीराजे अत्यंत देखणे आणि शूर होते तसेच ते अनेक भाषेत विद्याविशारद व अत्यंत धुरंदर राजकारणी होते.राजकारणातील बारकावे त्यांनी भराभर आत्मसात केले. मोंगल दरबारातील घडामोडी आणि राजकारण त्यांना लहान वयातच कळले तर त्याचा त्यांना भविष्यात उपयोग होईल या विचाराने शिवाजी महाराजांनी त्यांना आग्रा भेटीच्या वेळी बरोबर नेले. त्यावेळी संभाजीराजे ९ वर्षाचे होते. शिवाजी महाराज आग्‍र्‍याच्या कैदेतून निसटल्यानंतर स्वराज्यापर्यंतची धावपळ संभाजी राजांना सोसली नसती आणि त्यामुळे त्यांना काही काळ सुरक्षित ठिकाणी ठेवणे गरजेचे होते. त्यामुळे शिवाजी महाराजांनी त्यांना मोरोपंत पेशव्यांच्या मेहुण्याच्या घरी मथुरेला ठेवले. मोंगली सैनिकांचा संभाजीराजांच्या मागचा ससेमिरा थांबवण्याच्या उद्देशाने शिवाजी महाराजांनी संभाजीराजांचे निधन झाल्याची अफवा पसरवून दिली. ते स्वराज्यात पोहोचल्यानंतर काही काळाने संभाजीराजे सुखरूपपणे स्वराज्यात येऊन पोहोचले.