हिंदू मंदिरात गणपती दोन रूपात दिसतो - पहिला परिवार-देवता वा पार्श्वदेवता रूपात; अथवा मंदिरातील मुख्य देवता रूपात. पुराणांमध्ये पार्वतीने गणेशास द्बाररक्षक म्हणून नेमले होते त्याअनुषंगाने दरवाजावर गणपतीची मूर्ती कोरली जाते. याशिवाय स्वतंत्र गणेशमंदिरेही आहेत. यात सर्वाधिक उल्लेखनीय म्हणजे महाराष्ट्रातील अष्टविनायक मंदिरसमूह. पुणे शहराच्या १०० किमी परिघातील ही आठ मंदिरे गणेशाचे मंडल(वर्तुळ) बनवतात. याशिवाय महाराष्ट्रातील मुंबईच्या सिद्धिविनायक व टिटवाळ्याच्या गणपतीचा समावेश होतो. कोकणातील गणपतीपुळ्याचे मंदिर विख्यात आहे. पुण्यात सारसबाग येथील उजव्या सोंडेचा गणपती प्रसिद्ध आहे. पुण्याचे ग्रामदैवतही गणपतीच आहे. कसब्यातील ह्या गणपतीची पूजा जिजाबाई करत असत. जळगाव येथे उजव्या व डाव्या सोंडेच्या गणपतीचे एकत्रित मंदिर आहे. अशा स्वरूपाचे एकत्र मंदिर दुर्मिळ आहे. वाईच्या ढोल्या गणपतीची विशालकाय मूर्ती प्रेक्षणीय आहे.

महाराष्ट्राबाहेर उत्तर भारतातील मध्यप्रदेश राज्यातील उज्जैन; राजस्थान राज्यातील जोधपुर, रायपूर; बिहार राज्यातील वैद्यनाथ; गुजरात राज्यातील बडोदा, धोळका व वलसाड; उत्तर प्रदेश राज्यातील वाराणसी शहरातील धुंडिराज मंदिर आदि उल्लेखयोग्य मंदिरे आहेत. दक्षिण भारतातील गणेश मंदिरांमध्ये तामिळनाडू राज्यातील तिरुचिरापल्लीचे जम्बुकेश्वर मंदिर, रामेश्वरम व सुचिन्द्रम येथील मंदिर; कर्नाटक राज्यातील हंपी, इडागुंजी; आंध्र प्रदेश राज्यातील भद्राचलमचे मंदिर आणि केरळमधील कासारगोड उल्लेखयोग्य आहेत. भारताबाहेर नेपाळ मध्येही अनेक मंदिरे आहेत.