याच काळात भारतीयांना दोन भयानक आपत्तींना सामोरे जावे लागले. ते म्हणजे १८९६ चा दुष्काळ आणि १८९७ ची गाठीच्या प्लेगची साथ. दुष्काळ भारतीय शेतकर्‍यांसाठी नवीन नव्हता. पण यावेळी टिळकांनी त्यांना संघटित होण्याचे आवाहन केले तसेच त्यांच्या हक्कांबद्दल जागरूक केले. केसरी द्वारे त्यांनी सरकारला त्यांच्या कर्तव्याची जाणीव करून दिली. ब्रिटिश सरकार 'दुष्काळ विमा निधी' अतंर्गत लोकांकडून पैसा गोळा करत असे. त्याचा वापर लोकांसाठी करण्यात यावा असे त्यांनी सरकारला ठणकावून सांगितले. तसेच सरकारच्या 'Famine Relief Code' नुसार दुष्काळ पडला असतांना शेतकर्‍यांना कर भरण्याची आवश्यकता नव्हती. तरी काही भागात सक्तीने करवसुली करण्यात येत असे. याविरूद्ध लोकांना जागरूक करण्याचे काम त्यांनी केसरी द्वारे केले. त्यांच्या स्वयंसेवकांनी महाराष्ट्रभर गावागावात फिरून लोकांना 'Famine Relief Code' बद्दल माहिती देणारी पत्रके वाटली. याबरोबरच धनिक व दुकानदारांना अन्न व पैसा दान करण्याचे आवाहन केले व यातून अनेक ठिकाणी सार्वजनिक खानावळी चालवल्या.

त्याच वर्षी ऑक्टोबरमध्ये मुंबईत गाठीच्या प्लेगची साथ पसरली व १८९७ येईपर्यंत ही साथ पुण्यापर्यंत पोहोचली. हा रोग अत्यंत संसर्गजन्य असल्यामुळे सरकारने त्याचा प्रसार रोखण्याचे प्रयत्न करणे चालू केले व त्यासाठी रॅंड नावाच्या एका अधिकार्‍याची नियुक्ती केली. त्याच्या आदेशानुसार ब्रिटिश सैन्याने रोगग्रस्त लोकांना वेगळे करणे चालू केले. पण या काळात अनिर्बंध सैन्याकडून लोकांवर अनेक अत्याचार झाले. रोगग्रस्त लोकांसोबतच अनेक निरोगी लोकांनापण केवळ संशयावरून रोग्यांच्या छावणीत हलविण्यात आले. तसेच घराच्या निर्जंतुकीकरणात घरातील देव, देवघरांचा मान ठेवला गेला नाही. घरातील वृद्ध तसेच स्त्रीयांवर अत्याचार केले गेले. लोकांना प्लेगपेक्षा रॅंड आणि ब्रिटिश सैनिकांची जास्त भिती वाटायला लागली. टिळकांनी केसरी व मराठाच्या माध्यमातून यावर तोफ डागली. ते निर्जंतुकीकरण व सार्वजनिक स्वच्छतेच्या विरोधात नव्हते, पण रॅंडने वापरलेल्या कार्यपद्धतीला त्यांचा विरोध होता.  २३ जून १८९७ ला दामोदर चाफेकरांनी रॅंड व त्याचा सहकारी आयरेस्ट याची गोळ्या घालून ह्त्या केली. सरकारने पुण्यात कर्फ्यू लावला व संशयितांची धरपकड चालू केली. चाफेकरांना अटक करून फासावर चढवण्यात आले. टिळकांवर पण रॅंडच्या हत्येच्या कटात सामिल असल्याचा आरोप करण्यात आला होता. पण त्यासंदर्भात काहीच पुरावा सरकारला मिळाला नाही. यादरम्यान टिळकांनी केसरीमध्ये "सरकारचे डोके ठिकाणावर आहे काय?" व "'राज्य करणे' म्हणजे 'सूड उगवणे नव्हे'" हे दोन अग्रलेख लिहिले.